Фамилия Епифанов — одна из тех, что образованы от полного канонического имени, а не от его уменьшительной формы. В её основе лежит мужское имя Епифан, которое пришло на Русь вместе с крещением из греческого языка. Греческое слово «epifanes» имеет целый спектр значений: «видный», «известный», «знатный», а в христианском контексте — «Богом явленный». Поэтому имя Епифан давали с пожеланием, чтобы человек был заметен в добрых делах или стал явным свидетельством Божьей милости.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: к имени Епифан добавили притяжательный суффикс -ов, который изначально отвечал на вопрос «чей?». Епифанов — буквально «сын Епифана» или «из семьи Епифана». Такая схема (имя + -ов/-ев) в XV–XVI веках закрепилась сначала в среде служилых и богатых людей, а позже распространилась на все сословия.

В православных святцах под именем Епифаний (церковная форма имени Епифан) числится несколько святых. Самый почитаемый из них — святитель Епифаний, епископ Кипрский, живший в IV веке. Согласно житию, он был евреем по происхождению, получил хорошее образование, но к христианству его привел случай: однажды он увидел монаха Лукиана, который отдал нищему свою одежду. Поражённый таким милосердием, Епифаний попросил наставить его в вере. Позже за подвижническую жизнь он получил дар чудотворений, но, чтобы избежать людской славы, удалился из обители в пустыню. Память святителя Епифания Кипрского совершается 25 мая (по старому стилю — 12 мая). Кроме того, в церковном календаре есть преподобномученик Епифаний (27 апреля), патриарх Константинопольский Епифаний (7 сентября) и мученик Епифаний Мелитинский (20 ноября).

В архивных документах фамилия Епифанов встречается довольно рано. Например, в Книге памяти Нижегородской области записан Епифанов Глеб Васильевич, родившийся в 1915 году в селе Семеть. В Книге памяти Псковской области указан Епифанов Семён Григорьевич, 1911 года рождения, уроженец города. Эти записи — лишь малая часть разрозненных сведений, но они подтверждают, что фамилия была распространена в разных регионах России, в том числе в центральных и северо-западных губерниях.

Если сравнивать Епифанова с однокоренными фамилиями, то в русском языке есть и более редкий вариант — Епифановский, образованный с помощью суффикса -ский, который чаще указывал на дворянское или географическое происхождение. Но форма на -ов осталась основной и самой массовой. Носители фамилии могли быть кем угодно: крестьянами, мещанами, священниками — имя Епифан не было исключительно монашеским или аристократическим, его давали людям разного сословия.