Фамилия Епифаненков — наглядный пример того, как славянская модель именования «наращивает» суффиксы, уточняя родство через поколения. В основе лежит крестильное имя Епифаний (от греческого epiphanes — «явленный, видный»; в христианском контексте — «Богом явленный»). От него образовали просторечную форму Епифаня, а от неё — типичное украинское отчество-фамилию Епифаненко («маленький Епифаня», то есть сын Епифана). Дальнейшая русификация этого отчества с помощью суффикса -ов дала фамилию Епифаненков: буквально «сын Епифаненко» или, иначе, «внук Епифана».

Такая цепочка — редкий случай, когда в фамилии сохранилась двойная патронимическая приставка: украинское -енко («чей-то сын») и русское -ов (того же значения). Это указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятно, происходил с украинских или южнорусских земель, а его потомки, попав в великорусскую среду, адаптировали фамилию под местные говоры, добавив «фамильный» суффикс.

Само имя Епифаний в православной традиции связано с почитанием святителя Епифания Кипрского (IV век), который управлял Кипрской церковью 36 лет и известен как борец с ересями. Однако в быту имя встречалось нечасто: оно было характерно для духовенства и монашества, но изредка давалось и крестьянам. Поэтому носители фамилии Епифаненков могли происходить как из церковной среды, так и из крестьян, получивших имя по святцам.

Географически фамилия тяготеет к южным областям России (Брянская, Курская, Белгородская) и востоку Украины — именно там пересекались ареалы украинского суффикса -енко и русского -ов. Встречается она и в северных регионах, но реже: туда её занесли переселенцы или потомки духовенства.

Сравните с однокоренными фамилиями: Епифанов (прямое отчество от Епифан), Епифанцев (с суффиксом -цев, указывающим на принадлежность к роду), Епифаненко (без русификации). Епифаненков стоит особняком — это «отчество от отчества», редкий случай фиксации родственной связи через два поколения прямо в фамилии.