Фамилия Ермакин — одна из тех, что образована по самой ходовой русской модели: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — Ермакин сын). Основа здесь — имя Ермак, а точнее, его разговорная форма Ермака.

Сразу стоит развеять распространённое заблуждение: Ермак — это не обязательно атаман, покоритель Сибири. В народной среде Ермаком называли человека, и происхождение этого прозвища спорное. Самая правдоподобная версия связывает его с тюркским словом «эрмак» — «одинокий, бродяга, степной скиталец». В русских говорах слово прижилось и стало означать «жернов» (маленькая ручная мельница), а также давалось человеку крепкому, коренастому, «как жернов». Поэтому предок Ермакиных мог быть либо одиноким странником, либо мельником, либо просто обладателем плотной фигуры.

В отличие от фамилий на -ов (Иванов, Петров), которые чаще образовывались от прозвищ на твёрдый согласный, модель на -ин здесь закономерна: основа Ермак-а дала форму «Ермакин». В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Ермак, и их потомки получали фамилию именно по этой схеме. Географически фамилия встречается не так широко, как, скажем, Ермаков, но заметна в северных и волжских регионах — в Архангельской, Вологодской, Нижегородской областях, где мельничное дело было распространено и где сильны были тюркские заимствования в лексике.

Интересно, что фамилия Ермакин — «младшая родственница» более частой Ермаков. Разница в суффиксе: Ермаков — от формы Ермак (с нулевым окончанием), а Ермакин — от формы Ермака. Это не говорит о разном происхождении, но указывает на разные местные традиции склонения личного имени в XVI–XVII веках. В переписях того времени можно встретить одного и того же человека записанным и как «Ермак», и как «Ермака» — отсюда и раздвоение фамилий.