Фамилия Ермаковский — типичный представитель «географического» пласта русских фамилий, образованных с помощью суффикса -ский. Эта модель указывала на связь человека с местностью: владельческую (княжескую или помещичью) или, реже, на происхождение из определённого села. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, которые часто происходят от прозвищ или профессий, фамилии на -ский в XVIII–XIX веках нередко давались в духовных училищах и семинариях, а также закреплялись за дворянскими родами по названию их вотчин.

Основа фамилии — топоним Ермаково или Ермаковка. На карте России десятки таких названий: от Костромской области до Сибири. Все они, в свою очередь, восходят к имени или прозвищу Ермак. Самое известное значение этого слова — «жернов» (камень для размола зерна) в тюркских языках. Однако в русской ономастике имя Ермак прочно ассоциируется с казачьим атаманом, покорителем Сибири, поэтому многие Ермаковские по происхождению могут быть связаны с потомками казаков или крестьян, переселившихся в районы, носящие такое имя.

Словообразовательная цепочка проста: Ермак → Ермаково (село или деревня) → Ермаковский (житель или владелец этого села). Суффикс -ск- указывает на принадлежность, а окончание -ий оформляет фамилию как прилагательное. Интересно, что фамилия Ермаков, образованная напрямую от имени Ермак, встречается гораздо чаще и имеет более «демократичное» происхождение. Ермаковский же звучит как фамилия, сформировавшаяся в среде, где было принято называть людей по месту жительства, — то есть среди духовенства или служилого дворянства.

Вероятность того, что фамилия была дана в семинарии, высока. Семинаристам часто меняли «простонародные» фамилии на более благозвучные, «облагораживая» их суффиксом -ский. Так, сын крестьянина Ермакова мог получить фамилию Ермаковский при поступлении в духовное училище. Никаких документальных подтверждений этой версии для конкретного рода без генеалогического исследования нет, но модель распространённая.

Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Урале. Встречаемость её невысока — это редкая фамилия, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного села, а не от массового прозвища. Носители фамилии, скорее всего, происходят из одного или нескольких близлежащих сёл, названных в честь Ермака.