Фамилия Ермаков входит в число самых распространённых русских фамилий, и её популярность легко объяснить. В подавляющем большинстве случаев она образована от краткой формы Ермак, которая служила производной сразу от двух крестильных имён: Ермолай (в переводе с греческого — «вестник народа») и Иеремий (древнееврейское — «возвеличенный Богом»). На Руси такие усечённые обиходные формы были в ходу повсеместно, поэтому и фамилий на их основе получилось много.

Однако имя Ермак могло иметь и некалендарное происхождение. Есть серьёзная версия, что оно восходит к тюркскому слову «ярмак» — «деньги». В таком случае прозвище Ермак мог получить человек, связанный с деньгами: торговец, ростовщик или просто тот, кого считали богатым. Эта гипотеза подкрепляется тем, что тюркские заимствования в русских прозвищах — явление обычное для южных и восточных регионов.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с нарицательным «ермак» — так называли малый жернов для ручных крестьянских мельниц. Если фамилия пошла от этого слова, то её родоначальником мог быть мельник, получивший прозвище по орудию труда. Эта версия уступает двум первым по убедительности, поскольку «ермак» в значении «жернов» — слово узко диалектное, а сама фамилия встречается по всей России, а не только в регионах ручного помола.

Главное, что объединяет все три версии: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?» — Ермаков). То есть фамилия закрепилась как отчество, и её носитель — потомок человека по имени или прозвищу Ермак.