Фамилия Ермалаев звучит как отчество, образованное от имени Ермалай. Это и есть основная версия. В крестьянской среде, где фамилии складывались позже всего, отчество на -ов закреплялось за детьми и внуками человека по имени Ермалай. Само имя — народная, упрощённая форма греческого Ермолай (Ἑρμόλαος), которое переводится как «народ Гермеса» или «вестник народа». В святцах имя числилось, но в быту звучало именно как Ермалай, с утратой второго «о» и смягчением.

Интересная деталь: в русской ономастике фамилии на -аев часто путают с восточными (татарскими, башкирскими), где суффикс -аев образует патронимы от имён на -ай. Ермалаев — редкий случай, когда корень стопроцентно русский (календарное имя), а суффикс совпал с тюркским по звучанию. Поэтому носитель фамилии почти наверняка происходит из среды православных крестьян или мещан центральной России или Поволжья, где имя Ермолай было распространено до середины XIX века.

Бытовое прозвище Ермалай могло закрепиться и за человеком с каким-то характерным признаком — например, за крикливым или бойким, поскольку «ермолаить» в некоторых говорах означало «шуметь, скандалить». Но это лишь вторичная, народная этимология, которая не отменяет главного: фамилия пошла от крестильного имени.

В написании путаницы почти не бывает. Вариант Ермолаев (через «о») — более редкий, книжный, встречается у потомков духовенства или грамотных горожан, которые держались за церковную форму имени. Ермалаев — простонародный, живой вариант, который и стал фамилией у большинства носителей.