Каноническое мужское имя Ермил (Ермилий) в переводе с греческого означает «из гермесовой (храмовой) рощи». В основу фамилии легла его уменьшительная форма — Ермиша. Святой покровитель имени — мученик Ермил, день памяти которого — 26 января. Со временем, вероятно, род Ермишенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ермиша, со временем получил фамилию Ермишенков.