Фамилия Есинеева — редкий пример, где женская форма закрепилась в языке как основная, хотя её мужской аналог, Есинеев, встречается ещё реже. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать её по косточкам: корень «Есин-» и суффикс «-еев» (вариант «-ев» после мягкого согласного). Основа, скорее всего, восходит к крестильному имени Есиней — народной форме канонического имени Иоанн или, реже, Евсевий. В русских говорах имя Иван превращалось в десятки вариаций: Иванко, Ванечка, а в некоторых регионах — Есиней или Еся. Отсюда и пошло: сначала отчество Есинеев («чей?» — сын Есинея), а затем фамилия.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых диалектах «есинь» означало «осень» или относилось к производным от слова «есть» (быть). Но ономастика обычно отвергает такие бытовые прозвища без устойчивой традиции: фамилии на «-еев» в массе своей образуются именно от личных имён, а не от нарицательных слов. Словарь Б. Унбегауна подтверждает, что модель «имя + -еев» типична для русских фамилий из северных и центральных губерний, где часто сохранялись архаичные формы имён.

Географически фамилия Есинеева фиксируется в основном в Поволжье и на юге России — в архивах XIX века встречаются записи о крестьянах и мещанах с такой фамилией в Симбирской и Саратовской губерниях. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были, скорее всего, государственными или помещичьими крестьянами: фамилии на «-еев» редко встречались у дворянства, которое предпочитало более «книжные» окончания вроде «-ский».

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. В разных семьях говорят и Есине́ева, и Есине́ева, хотя по правилам русского языка ударение должно падать на корень (Е́синеев), если имя Есиней произносилось с ударением на первый слог. Но в быту часто смещали ударение на суффикс по аналогии с массовыми фамилиями вроде «Сергеев». Так что единого «правильного» варианта нет — всё зависит от того, как говорили в конкретной местности.