Фамилия Есин — одна из тех, что образована от просторечной, «домашней» формы крестильного имени. Её основа — имя Еся, которое в народном обиходе заменяло полное церковное имя Иосиф (в переводе с древнееврейского — «божья награда»). Такой способ словообразования — от краткого варианта имени с помощью суффикса -ин — типичен для русских фамилий: он указывал на принадлежность конкретному человеку, буквально «чей?» — «Есин сын», то есть сын Еси.

В истории фамилия засвидетельствована довольно рано. В документах XV века упоминаются Есины — новгородские бояре. Однако после присоединения Новгорода к Москве многие знатные семьи лишились вотчин и были выселены. Есиных в XVI веке переселили в Нижегородский уезд, где их следы теряются среди помещиков и служилых людей. Эта принудительная миграция — характерная деталь для понимания географии фамилии: корни её на северо-западе, но основная масса носителей позже оказалась в центральных и поволжских областях.

Стоит заметить, что фамилия Есин омонимична другой, образованной от прозвища Еса (от глагола «есать» — «есть, поедать»), но в подавляющем большинстве случаев ономасты связывают её именно с именем Иосиф. В XX веке фамилию прославил писатель Сергей Николаевич Есин (род. 1935), автор романа «Имитатор» — его творчество хорошо иллюстрирует, насколько далеко может уйти потомок боярского рода от новгородских корней.