Фамилия Еськин образована от просторечной формы крестильного имени Иосиф — Еська. Имя Иосиф пришло из древнееврейского языка и означает «Бог умножит» или «Бог прибавит». В XIII–XVII веках форма Еська была распространена на территории современных Винницкой, Житомирской, Киевской, Львовской, Ровенской и Хмельницкой областей. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Еськин значит «сын Еськи» или «потомок Еськи».

Интересно, что имя Иосиф дало в русском языке целый ряд просторечных вариантов: Осип, Есип, Еська, Оська. Фамилия Еськин — не единственная в этом ряду. Родственными по происхождению можно считать фамилии Осипов, Есипов, Оськин. Разница в написании и произношении объясняется местными говорами: на юго-западных землях, где аканье и яканье были сильнее, форма «Еська» звучала естественнее, чем «Оська» или «Осип».

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Еськин типична для восточнославянского ономастикона. Суффикс -ин добавляется к основам, оканчивающимся на -а или -я. В данном случае основа «Еськ-» от имени Еська. Такая модель активно использовалась в XVI–XVII веках для образования фамилий крестьян и посадских людей, что косвенно указывает на социальное происхождение первых носителей — скорее всего, это были не дворяне, а свободные или зависимые земледельцы и ремесленники.

Споров о происхождении фамилии почти нет: связь с именем Иосиф через форму Еська признаётся большинством ономастов. Единственное, что можно добавить, — в некоторых говорах «Еська» могло быть и уменьшительным от имени Евсей (каноническое Евсевий), но эта версия менее вероятна, поскольку Евсей дал фамилии Евсеев и Евсюков, а не Еськин. Таким образом, основная и самая надёжная версия — через Иосифа.