Фамилия Еськины — одна из тех, где народная, обиходная форма имени полностью вытеснила в фамилии официальное церковное имя. В основе лежит имя Еська, которое в старину было просторечным вариантом крестильного имени Иосиф. «Иосиф» переводится с древнееврейского как «Бог умножит» или «Бог прибавит», но в быту на русской почве это длинное имя сократили и переделали на свой лад. Еська, Еся, Оська — так звали Иосифов в деревнях и посадах, особенно в северных и центральных губерниях.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Еськ- добавили суффикс -ин, который указывал на принадлежность — «чей сын?» — «Еськин сын». Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как наследственная фамилия. Такая словообразовательная схема типична для фамилий, возникших из обиходных форм канонических имен: Петька — Петькин, Васька — Васькин, Еська — Еськин.

В говорах форма «Еська» встречалась не только как производное от Иосифа. В некоторых регионах так могли называть и человека с именем Евсевий или даже Ефим — местные диалекты часто «съедали» начало слова. Поэтому у фамилии Еськины может быть не один, а два-три источника, но версия с Иосифом — основная и наиболее распространённая в ономастической литературе.

Фамилия фиксируется в документах с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Вятской, Пермской и Казанской губерниях. География бытования подсказывает, что предки Еськиных были скорее всего государственными или дворцовыми крестьянами, реже — ремесленниками. Дворянских родов с этой фамилией в Российской империи не зафиксировано, то есть фамилия оставалась по преимуществу крестьянской и мещанской.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые давали по полному отцовскому имени, фамилии на -ин часто сохраняли именно уменьшительную, «домашнюю» форму. Еськины — яркий пример того, как ласковое или обиходное прозвище стало официальным родовым именем.