Фамилия Етерина — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного для русских фамилий суффикса -ов/-ев или -ин, который указывал бы на принадлежность отцу («чей сын?»). Окончание -а наводит на мысль, что перед нами либо женская форма фамилии (в русской традиции Етерин — мужская, Етерина — женская), либо фамилия, застывшая в форме прозвища или имени.

Самая вероятная версия отталкивается от греческого имени Екатерина, которое в народной речи часто упрощалось. В русских говорах имя Катерина нередко произносили как «Етерина» — с выпадением начального «к» и редукцией гласных. Так, в документах XVII–XVIII веков встречаются записи «Етерин» вместо «Катерин». Если фамилия происходит напрямую от такого варианта имени, то её основа — Етер(а). Суффикс -ин указывал бы на принадлежность: «Етерин» — сын Етеры (Екатерины). Однако сама фамилия закрепилась в форме Етерина, что нетипично для исконно русской мужской фамилии. Это может говорить о том, что фамилия изначально женская (например, у вдовы или незамужней женщины, записанной по матери) или что она образована от прозвища Етера, которое не было связано с именем.

Существует и альтернативная, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «етерь» или «етерец» — так в некоторых областях называли рыбацкую сеть или снасть. В этом случае прозвище Етера мог получить рыбак или тот, кто плёл сети. Но эта гипотеза слабая, так как слово имеет узколокальное хождение и не фиксируется в основных словарях русских говоров.

Географически фамилия Етерина встречается в единичных случаях, преимущественно на юге России и в центральных областях. В дореволюционных метрических книгах она почти не попадается, что подтверждает её редкость. Скорее всего, это поздняя фамилия, возникшая в крестьянской или мещанской среде в XIX веке, когда фамилии нередко записывали «на слух» — так, как произносил имя или прозвище носитель.

Если отбросить маловероятные гипотезы, наиболее правдоподобное объяснение: фамилия Етерина — это видоизменённая форма от имени Екатерина, закрепившаяся в качестве фамилии в женском роде. Предки носителя могли быть людьми, при записи которых приходской священник или писарь отразил народное произношение имени матери или бабушки.