Основой фамилии Евсегнеев послужило церковное имя Евсегней. Фамилия Евсегнеев происходит от канонического мужского имени Евстигней. Это имя пришло в русский язык из греческого и переводится как «добрый знак». Известен мученик Евстигней, который долгое время был на военной службе. В старости отошел от службы и проводил время в молитвах и постах, но в возрасте 110 лет был казнен. Замена гласной «и» на «е» объясняется историческими изменениями в языке. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Евстигней, со временем получил фамилию Евсегнеев.