Фамилия Фалинова — женская форма, а её мужской вариант — Фалинов. В основе лежит либо имя, либо прозвище, причём сразу с двумя возможными источниками, и оба ведут в дохристианскую эпоху или в народную речь.

Самое вероятное объяснение — от разговорной формы крестильного имени Фал (Фаллий). В православных святцах есть мученик Фаллий, но имя было редким, и в быту его часто переделывали на свой лад. От сокращённой основы «Фал» с помощью суффикса -ин и образовали фамилию: Фалин (чей? — сын Фала), а уже от неё — Фалинов. Суффикс -ов здесь вторичный, он мог появиться позже, когда фамилию «подтянули» под более распространённую модель на -ов.

Вторая версия — отчество от прозвища Фаля. В северных и сибирских говорах «фаля» — простак, разиня, человек не от мира сего. Прозвище было незлым, скорее бытовым, и легко становилось фамилией. Если предок был Фаля, его дети записывались как Фалины, а внуки — уже Фалиновы.

По географии фамилия встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье, но нигде не образует плотных гнёзд — это редкая фамилия. В дворянских родословных книгах она не засветилась, так что носители, скорее всего, из крестьян или мещан.

Мужской вариант Фалинов может писаться через «а» — Фолинов, но это уже другая этимология, связанная с именем Фол или греческим «фолос» (пещера). Для Фалиновой такая путаница маловероятна: форма с «а» устойчива.