Основой фамилии Фалий послужило церковное имя Фалалвий. Скорее всего, фамилия восходит к каноническому мужскому имени Фалалвий, которое в переводе с греческого означает «цветущая маслина». От этого имени было образовано множество производных форм, одна из которых — Фалий — и легла в основу данной фамилии. Согласно другой версии, фамилия Фалий ведет свое начало от библейского имени Фелаия («Богом отличенный»), которое носил левит, объяснявший народу Закон. Не исключено, что фамилия Фалий имеет латинское происхождение и связана с глаголом fallo, имеющему несколько значений: «вводить в заблуждение, обманывать», «не исполнять, не сдерживать, нарушать», «подделывать», «укрываться, оставаться незамеченным», «незаметным образом проводить, коротать время». Наконец, существует и такая гипотеза: фамилия Фалий относится к числу фамилий, в основе которых лежат античные реалии, как правило, греческие. В данном случае фамилия ведет свое начало от имени древнегреческой музы комедии Фалии (или Талии). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фалалвий, со временем получил фамилию Фалий.