Фамилия Фанеев — редкий случай, когда основа слова почти не поддаётся однозначной расшифровке. На первый взгляд она кажется производной от личного имени или прозвища, но с таким корнем в русской ономастике всё непросто.

Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «фаня» или «фанька», которое в некоторых говорах означало простака, разиню или чудаковатого человека. В этом случае Фанеев — потомок того, кого в деревне дразнили Фаней, то есть фамилия образована по стандартной модели «прозвище + суффикс -ев» (после мягкого согласного). Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Фанеев, то есть сын или человек из рода Фани.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — происхождение от тюркского корня. В татарском и башкирском языках есть слово «фан» (фонарь, светильник) или «фани» (бренный, преходящий мир). Если предки носителя фамилии были из поволжских татар или башкир, то Фанеев могло возникнуть как русифицированная форма от Фани (светлый) или от имени Фаний. Однако в этом случае фамилия скорее писалась бы через «и» (Фаниев), так что версия с прозвищем выглядит надёжнее.

Географически фамилия встречается крайне редко. Основные очаги — центральные области России, в частности Рязанская и Тамбовская губернии, где и зафиксированы первые упоминания в метрических книгах XIX века. Встречается она и на Урале, что может говорить о переселении крестьян в ходе столыпинской реформы.

Стоит отметить, что в русских фамилиях суффикс -еев (с двумя «е») — как, например, в фамилии Андреев — гораздо привычнее, чем -еев с одним. Фанеев же пишется с одним «е» в суффиксе, что дополнительно подтверждает его прозвищное происхождение: ударение в основе падает на первый слог, а не на суффикс. Если бы фамилия образовывалась от имени Фаней (как Андрей — Андреев), она звучала бы как Фанеев с двумя «е». А здесь — Фанеев, то есть от прозвища Фаня.

Таким образом, скорее всего, предок носителя фамилии Фанеев был человеком с необычным прозвищем Фаня, которое дали ему за простоватый или чудаковатый нрав, и это прозвище закрепилось за его родом.