Фамилия Фатеркин — редкий пример, когда иноязычная основа «прижилась» в русской модели на -ин. Если отбросить суффикс -ин (который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?»), остаётся корень Фатерк-. Наиболее вероятная версия: в основе лежит немецкое слово Vater — «отец». В немецком языке существует фамилия Vater (Фатер), а также её производные. В России, особенно в среде немецких колонистов, переселившихся в Поволжье в XVIII—XIX веках, такие фамилии могли русифицироваться: к немецкой основе добавляли русский суффикс -ин, а затем и типичное фамильное окончание. Фатеркин — буквально «сын Фатера» или «принадлежащий Фатеру».

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «фатер» или «фатёр», которое в некоторых говорах могло означать хитреца, пройдоху (ср. «фат» — щёголь, хвастун). Однако немецкое происхождение выглядит убедительнее: фамилия Фатеркин географически тяготеет к регионам, где исторически жили немецкие колонисты (Саратовская, Самарская губернии, юг Украины). В метрических книгах лютеранских приходов встречаются носители фамилии Vater, а в русских документах их потомки записаны уже как Фатеркины.

Особенность фамилии — её «одиночество»: в русском ономастиконе нет массовых однокоренных вариантов (в отличие от, скажем, Фатеров или Фатерин). Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в одной конкретной семье или в узкой группе переселенцев и не получила широкого распространения. Носители Фатеркина, скорее всего, потомки тех самых колонистов, которые занимались сельским хозяйством или ремёслами, а фамилия закрепилась за ними как указание на отца-основателя рода — немецкого «фатера».