Фамилия Федодеева — женская форма мужской фамилии Федодеев. В основе лежит имя Федодей, которое в свою очередь является народной, разговорной формой крестильного имени Феодосий. Имя Феодосий (от греческого «богом данный») в быту на Руси упрощали до Федосей, Федодей, Федос — так появлялись целые гнёзда фамилий: Федосеев, Федосов, Федодеев.

Интересно, что суффикс -еев в данной фамилии указывает на происхождение от имени, оканчивавшегося на -ей (Федодей), а не на -а или -я. Если бы основой было имя Федос, фамилия звучала бы как Федосов. Федодеев — более редкий вариант, сохранивший именно ту форму имени, где корень «дей» (от «дай») воспринимался как самостоятельный элемент.

Федодеевы — это потомки человека, которого в документах записывали как Федодей, то есть Феодосий в просторечии. Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, где были сильны традиции старообрядчества, часто сохранявшего архаичные формы имён. Встречается и вариант написания через «а» — Фададеев, но он ещё реже и связан с акающим произношением.

Таким образом, носительница фамилии Федодеева может считать своим предком человека по имени Феодосий, которого в быту звали Федодей. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие — она чисто патронимическая, то есть образована от личного имени.