Фамилия Федонников — редкий случай, когда фамилия на -ов образована не напрямую от имени, а от другой фамилии или прозвища. Основа здесь — Федонник, а не Федон. Суффикс -ник в русских прозвищах часто указывал на человека по его занятию или характерному признаку, но в данном случае он, скорее всего, вторичен: Федонник — это не «тот, кто делает что-то с Федоном», а форма, возникшая из патронимического отчества.

Разбираем цепочку. В основе лежит каноническое имя Феодот (греч. «богом данный»). В народной речи оно дало множество уменьшительных форм: Федот, Федя, Федоня. Форма Федоня — ласкательное, типичное для северных и центральных говоров. От него закономерно образовалось отчество Федонников — «сын Федонника». Но здесь есть тонкость: суффикс -ник в отчествах нехарактерен. Обычно от Федона получали Федонов или Федонькин. Наличие -ник- говорит о том, что первоначально существовало прозвище Федонник, которое затем осмыслили как фамилию и добавили -ов.

Что могло значить прозвище Федонник? Вероятнее всего, оно не связано с ремеслом, а имеет «собирательное» значение: так могли называть человека, который постоянно упоминал имя Федоня, был его тезкой или происходил из семьи, где это имя было родовым. В русских говорах суффикс -ник иногда придавал прозвищу оттенок «любитель», «приверженец» (сравните: бабник, гуляка — но в нейтральном смысле). То есть Федонник — «тот, кто за Федоней», «Федонов человек».

Географически фамилия редкая и, судя по концентрации в документах XIX века, привязана к Вятской губернии (современная Кировская область) и Пермскому краю. В этих местах имя Федот было очень популярно, а уменьшительная форма Федоня — типична для местного говора. Федонниковы — скорее всего, потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по имени или прозвищу основателя рода. Дворянских корней у этой фамилии нет, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах.

Интересная деталь: написание фамилии устойчиво, с двойным «н», что как раз и выдает происхождение от Федонника, а не от Федона. Если бы основа была Федон, мы бы имели Федонов — с одним «н». Так что каждый, кто носит фамилию Федонников, носит в ней память о предке, которого в быту звали не просто Федоня, а с оттенком прозвища — Федонник.