Фефелин — фамилия с прозрачной, но неочевидной на первый взгляд основой. Она образована по стандартной русской модели притяжательных прилагательных: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Основа — имя или прозвище Фефел, которое в русских говорах имело прямое отношение к простоте, а то и глуповатости.

Корень здесь — диалектное слово «фефела» (или «фофан»), означавшее недалёкого, наивного человека, растяпу. В словаре Владимира Даля «фефела» — это «простофиля, разиня, недотёпа». Прозвище давали человеку с соответствующим характером или поведением, а потом оно закрепилось за его потомками как фамилия. Аналогичные по смыслу фамилии — Фофанов, Простаков, Глупов. Важно не путать Фефелина с «фефелой» в значении «щеголь» или «франт» — это более позднее ироничное переосмысление того же корня.

Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог — Фефе́лин, хотя в некоторых регионах можно услышать и Фефели́н. Второй вариант — более архаичный, тяготеющий к диалектному произношению.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в бывших Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. В этих краях слово «фефела» было особенно ходовым. Встречаются и однокоренные фамилии: Фефелов, Фефеловский, Фефилкин — все они восходят к тому же прозвищному гнезду.

Сословного барьера у Фефелина не было: прозвище могли дать и крестьянину, и посадскому человеку. В писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне Фефелы, но в дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована — слишком бытовая, «простонародная» основа.

В современном языке фамилия звучит необидно — давнее прозвище давно утратило свой первоначальный смысл и воспринимается как обычная русская фамилия, каких тысячи.