Фамилия Филиненков — яркий пример того, как «великорусская» фамилия на -ов образована от прозвища, которое само является формой крестильного имени. В её основе лежит имя Филин — не птица, а разговорный вариант канонического имени Филимон (от греческого «филема» — поцелуй) или, реже, Филипп. В русских говорах имя Филимон легко сокращалось до Филин, по той же модели, что Агафон — Агафоня — Агаф, или Сидор — Сидорка — Сидора.

Суффикс -енков указывает на происхождение из южнорусских или западнорусских земель. Это характерная черта фамилий, возникших в среде служилых людей и крестьянства на территории современных Брянской, Смоленской, Калужской областей, а также в Белоруссии. Если в центральной России чаще говорили «Филин» (сын Филина — Филинов), то на юге и западе цепочка была иной: Филин → Филинёнок (маленький Филин, сын Филина) → Филиненков. Таким образом, Филиненков — это «внук» человека по прозвищу Филин.

В документах XVII–XVIII веков можно встретить множество «Филинов» и «Филёнков», но форма на -енков закрепилась именно как фамилия, а не как отчество. Прозвище Филин могло достаться не только обладателю имени Филимон. В народе «филином» нередко называли угрюмого, нелюдимого человека, ведущего ночной образ жизни, либо того, кто имел большие круглые глаза. Эта версия менее вероятна для фамилии в целом, так как большинство русских фамилий на -ов восходит к церковным именам, но исключать её полностью нельзя.

Фамилия не относится к числу самых распространённых, но и не является редкой. Её носители встречаются в основном в центральной России и в Белоруссии. В переписях XIX века Филиненковы чаще всего записаны как государственные крестьяне или мещане. Интересно, что в некоторых говорах фамилия могла произноситься с ударением на первый слог — «Фили́ненков», хотя литературная норма допускает ударение и на второй, и на третий слог, в зависимости от местной традиции.