Фамилия Филонтьева — женская форма от Филонтьев, и её разумнее всего разбирать в мужском варианте, чтобы добраться до корня. Основа здесь — имя Филонтий, которое на русской почве представляет собой народную переделку греческого имени Филон, означающего «любящий». Суффикс -ев указывает на принадлежность: Филонтьев буквально значит «сын Филонтия» или «человек из рода Филонтия».

Интересно, что в церковных святцах имя Филонтий встречается редко, зато в бытовой, неканонической среде оно могло быть вариантом более распространённого Филимон (тоже от греческого «любящий») или даже уменьшительной формой от Филарет. Словообразовательная модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчества на -ов/-ев закреплялись за потомками священников, посадских людей и крестьян. Географически фамилия Филонтьев тяготеет к центральным и северным губерниям — в переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с таким именем в Вологодском и Костромском уездах.

Можно сравнить с однокоренными Филонов и Филоненко: первая образована от того же имени, но без промежуточного суффинкса -тий, вторая — украинская по происхождению. Филонтьев — более редкий вариант, что говорит либо о локальном бытовании имени Филонтий в конкретной местности, либо о случайном смешении с фамилией Филонтов, где основа — прозвище Филонт (устаревшее «обманщик» или «хитрец»). Впрочем, для Филонтьева версия с греческим именем убедительнее, потому что прозвищная основа Филонт в документах почти не фиксируется.

В итоге: носитель фамилии Филонтьев, скорее всего, потомок человека по имени Филонтий, которого в семье могли называть уменьшительно Филоня. Фамилия недворянская, без громкой истории, но с прозрачной этимологией, что для рядового русского рода ценнее выдуманных легенд.