Фамилия Фионичева — женская форма фамилии Фионичев, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем. Основа фамилии — «Фионик» или «Фионич», что отсылает к разговорной форме канонического имени Афиноген. В народной русской традиции это имя, имеющее греческие корни (от «Афина» и «генос» — «рождение»), сокращали и переосмысляли до неузнаваемости: Финя, Феня, Фион. Так появилось прозвище Фионя, от которого через суффикс -ич (указывающий на сына или потомка) образовалось отчество Фионич, а затем и фамилия Фионичев.

Словообразовательная модель здесь не самая частая. В русских фамилиях суффикс -ичев встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на происхождение от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или -ч. Фионичев — типичный пример «отчества второго порядка»: сначала было Фионя (прозвище), потом Фионич (сын Фиони), и только затем фамилия. Женская форма Фионичева образовалась по стандартному правилу — добавлением окончания -а.

Версия, что фамилия могла пойти от слова «фиалка» (через латинское viola или греческое ion), менее правдоподобна: в русских говорах «фионик» никогда не означал цветок, а само слово «фиалка» пришло в язык позже и не дало устойчивых прозвищ. Также маловероятна связь с «фиником» — плодом: такие прозвища в русской среде не фиксируются.

Географически фамилия Фионичев и её женская форма встречаются в основном в центральных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерниях — регионах, где было распространено имя Афиноген. В документах XVIII–XIX веков попадаются крестьяне и мещане с этой фамилией, что говорит о её простонародном, а не дворянском происхождении. Носительницы фамилии Фионичева, скорее всего, происходят из семей, где предка звали Фионей — уменьшительно от Афиногена.