Фамилия Флоря в первую очередь отсылает к латинскому слову flora — «цветочная». Чаще всего основой для неё считают имя древнеримской богини цветов и весеннего расцвета Флоры. В честь неё называли девочек в католической традиции, а от женского имени Flora и образовалась фамилия. Но есть и вторая, не менее убедительная версия: Флоря — это сокращённая форма мужского имени Флориан, которое восходит к тому же латинскому корню. Имя Флориан носили раннехристианские святые, поэтому оно было широко распространено в Европе, особенно в католических регионах.

Словообразовательная модель здесь простая и характерная для румынского и молдавского ономастикона: усечение полного имени до основы Флор- и добавление уменьшительно-ласкательного суффикса -я. Такой способ образования имён и фамилий типичен для восточнороманских языков. Поэтому неудивительно, что фамилия Флоря чаще всего встречается на территории Румынии и в соседней Молдове. В русскоязычной среде она тоже попадается, но почти всегда указывает на румынские или молдавские корни предков.

Отдельного внимания заслуживает то, что фамилия не переводилась и не русифицировалась: она сохранила исходное написание и звучание. Это отличает её от многих фамилий, которые при переезде носителей в Российскую империю или СССР адаптировали под местные суффиксы -ов, -ев, -ин. Флоря осталась в той форме, в которой её носили в Румынии, что делает её своеобразным маркером происхождения.

Если говорить о значении, то и в версии с богиней, и в версии с именем Флориан смысл один: корень flora связан с цветением, растительностью, весной. Так что фамилию можно перевести как «цветущая» или «принадлежащая цветку». В старину такие имена давали с пожеланием красоты, здоровья и благополучия — как девочкам, так и мальчикам.

В целом фамилия Флоря — редкий для русской ономастики случай, когда латинская основа сохранилась без изменений и не обросла типичными славянскими суффиксами. Это компактная, но очень показательная фамилия: по ней сразу видно географию и языковую среду, в которой она возникла.