Фамилия Фондорин звучит для русского уха необычно, словно пришла из другого языка. И это ощущение не обманывает: её основа — не славянская, а западноевропейская, скорее всего немецкая или голландская. В основе лежит слово «фондер» (от нем. «Funder» — «основатель, учредитель») или, что более вероятно, фамилия «Фондер» / «Фондерс», попавшая в Россию через прибалтийских немцев или через купцов. Русский суффикс -ин, образующий притяжательные фамилии, превратил её в «Фондорин» — «сын (или потомок) Фондера».

Второй, менее очевидный вариант — происхождение от прозвища «Фондора» или «Фондарь». В русских говорах такое слово могло означать человека, который «фондит» — то есть суетится, мечется без толку, или, наоборот, того, кто «фондырит» — копит, припасает. Однако эта версия слабее: в исторических документах и словарях подобное прозвище не зафиксировано, а фамилия Фондорин встречается крайне редко, что указывает на её искусственное или единичное происхождение.

Сословный состав носителей фамилии — скорее всего, потомки иностранных специалистов, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках. Немцы-фондеры могли быть врачами, инженерами, аптекарями или офицерами. Фамилия не получила широкого распространения в крестьянской или купеческой среде, что подтверждает её нерусское ядро. В дореволюционных справочниках Фондорины встречаются единично, чаще в Петербургской и Лифляндской губерниях.

Отдельного упоминания заслуживает литературная слава фамилии. Благодаря романам Бориса Акунина широкую известность получил Эраст Фандорин — но это другой корень (от «фандорин» как производного от греч. «андрос» — «мужской» или от турецкого «фанды»). Фондорин и Фандорин — разные фамилии, хотя звучат похоже. Первая — реальная, хоть и редкая; вторая — вымышленная, с иной этимологией. Так что если вы встретили Фондорина в жизни, перед вами, скорее всего, потомок немецкого переселенца, а не героя детективного сериала.