Фамилия Фотинский — редкий случай в русской ономастике, где церковное имя стало основой не через крестьянскую фамилию на -ов, а через дворянскую или духовную модель на -ский. В основе лежит каноническое имя Фотин (от греческого φως, род. падеж φωτος — «свет»). В святцах это имя носили несколько раннехристианских мучеников, в том числе святой Фотин, епископ Лионский, но в народном быту оно было редкостью — чаще встречались его производные, вроде Фотя или Фотей.

Суффикс -ский указывает на географическое или владельческое происхождение. Такую фамилию мог получить либо священник, окончивший семинарию и взявший звучную фамилию по имени святого, либо помещик, владевший деревней Фотино или Фотинка. Второй вариант правдоподобнее: на карте России есть несколько небольших селений с таким названием — в бывшей Тверской, Смоленской и даже Вологодской губерниях. Если предки были дворянами, фамилия закрепилась за имением, если духовенством — за личным выбором при поступлении в училище.

Интересно, что Фотинский — не единственная фамилия от этого корня. Есть Фотиев, Фотин, Фотьев, но именно форма на -ский выделяет носителя из общего ряда. В XIX веке такие фамилии чаще встречались у выпускников духовных академий, где давали «красивые» книжные окончания. При этом в метрических книгах XVIII века попадаются и крестьяне с фамилией Фотинский — скорее всего, по названию деревни, где они жили.

С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна: основа Фотин + суффикс -ск- + окончание -ий. Ударение, по общему правилу для фамилий на -ский, падает на предпоследний слог: Фоти́нский. Редкость фамилии объясняется и тем, что имя Фотин никогда не было массовым — в святцах оно есть, но в народный обиход вошло слабо, уступив место более привычным Фёдору и Филиппу.