Фамилия Фуфарин происходит от прозвища или личного имени Фуфаря, которое легло в основу фамилии с помощью типичного русского суффикса -ин, указывающего на принадлежность: сын Фуфари, потомок Фуфари. Само имя Фуфаря — это фонетический вариант более распространенного прозвища Фуфыря, и здесь открывается простор для толкований.

Наиболее вероятное объяснение связывает Фуфарю с глаголом «фуфыриться», который в русских говорах означал «сердиться, дуться», «горячиться, выказывать недовольство по любому, даже самому мелкому поводу». В этом случае прозвище метко описывало характер предка — обидчивого, вспыльчивого человека, который легко выходил из себя. Такие бытовые прозвища на Руси давали не в обиду, а как отличительную черту, и они прочно закреплялись за семьей.

Существует и вторая версия, менее очевидная. Фуфаря могло быть дохристианским личным именем, которое этимологически связано с украинскими словами «фуфалиця», «фуфелиця» и «фуфеля» — все они означают «метель». Если принять эту гипотезу, то имя Фуфаря могли дать младенцу, родившемуся в сильную метель, — по распространенной в древности традиции называть детей по обстоятельствам их появления на свет. Эта версия подкреплена диалектной лексикой, но уступает первой в простоте и распространенности.

Наконец, третья гипотеза выводит Фуфарю из арабского имени Фавар, которое переводится как «горячий, страстный». Она возможна, но выглядит натянутой: для русской деревни, где фамилия, скорее всего, и сформировалась, такое заимствование маловероятно, а связь с глаголом «фуфыриться» объясняет все без привлечения чужих языков.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Фуфарин типична для северных и центральных регионов России, где преобладали фамилии на -ин от основ, оканчивающихся на -а или -я. Само прозвище Фуфаря звучит снисходительно-шутливо, что тоже характерно для народной традиции именования. Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком с живым, горячим нравом, за что и получил свое прозвище, а его потомки уже навсегда сохранили эту память в фамилии.