Фамилия Фуфаева образована от прозвища Фуфай, и корень здесь — нарицательное «фуфайка», то есть короткая теплая поддевка: байковая, вязаная шерстяная или стеганая. Проще говоря, предок носил грубую крестьянскую одежду, а может, и шил её на продажу. Вторая версия — прозвище имело переносный смысл: так могли назвать человека, который вечно кутался, одевался слишком плотно, или, наоборот, замкнутого и нелюдимого, «закрытого» от людей, как в фуфайку.

Сам прозвищный пласт здесь древний. В труде С. Б. Веселовского упоминаются Фуфай, крестьянин 1660 года из Курмыша, и Фуфайко, посадский человек 1582 года из Новгорода. То есть прозвище бытовало в разных слоях — и среди посадских, и среди крестьян, что неудивительно: фуфайка была одеждой простого люда, а не знати.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Фуфаев — это «сын Фуфая», потомок человека с таким прозвищем. Форма Фуфаева — женский вариант, характерный для русских фамилий. Интересно, что однокоренных фамилий вроде Фуфайкин или Фуфайкиных практически не встречается, так что Фуфаевы — едва ли не единственные наследники этого ёмкого прозвища. Вероятнее всего, фамилия закрепилась в северных и поволжских землях, откуда родом и упомянутые в документах носители прозвища.