Фамилия Фуфаев ведет начало от прозвища Фуфай. В его основе лежит нарицательное «фуфайка» — короткая теплая поддевка, байковая, вязаная шерстяная либо стеганая одежда. Логичнее всего предположить, что основатель рода занимался пошивом такой грубой крестьянской одежды: прозвища по ремеслу давали часто, и они легко закреплялись за потомками. Однако не исключено и переносное значение. Фуфаем могли прозвать человека, который постоянно кутался, очень плотно одевался, либо, наоборот, замкнутого и нелюдимого — как бы «закрытого» от внешнего мира.

Форма фамилии — на -ев, а не на -ов, говорит о том, что в основе лежит имя или прозвище на мягкий согласный или на -й: Фуфай как раз подходит под этот случай. Суффикс -ев присоединялся к основам, оканчивающимся на й, и в данном случае сохранил его в корне: Фуфа-ев, а не Фуфай-ов.

Степана Веселовского упоминает Фуфая, крестьянина, 1660 года, из Курмыша, и Фуфайка, посадского человека, 1582 года, из Новгорода. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях населения — и среди крестьян, и среди посадских людей — и уже в XVI–XVII веках встречалось в разных концах страны. Курмыш и Новгород — точки на карте, где имя фиксировалось раньше всего, но это не значит, что фамилия возникла только там.

Слово «фуфайка» в народной речи имело и более широкий смысл: так называли не только одежду, но и нечто рыхлое, неплотное, вздутое. Отсюда могло пойти ироничное прозвище толстяка или человека с пышной фигурой. Эта версия менее очевидна, но имеет право на существование, поскольку прозвища часто строились на внешнем сходстве.

Потомок человека по прозвищу Фуфай со временем получил фамилию Фуфаев. Она не относится к числу распространенных, но и не исчезла: ее носители встречаются в разных регионах России, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имен.