Фамилия Габовский — типичный пример польской или западнорусской модели образования на -ский. Такие фамилии чаще всего получали дворяне или шляхта, но со временем они распространились и среди других сословий, особенно на территории бывшей Речи Посполитой. Суффикс -ский указывает на связь с местом или владельцем: обычно так образовывали фамилии от названия имения, усадьбы или села.

Корень Габ- восходит к прозвищу или имени. Самая вероятная версия — от слова «габа», которое в польском и белорусском языках означает «плащ», «верхняя одежда» или «сукно». В старину так могли прозвать портного, торговца сукном или просто человека, носившего характерный плащ. Менее распространённая гипотеза — от имени Габриэль (через уменьшительную форму Габ). В польской ономастике фамилии от имён с суффиксом -ский встречаются реже, чем от прозвищ, но полностью исключать эту версию нельзя.

Географически фамилия Габовский тяготеет к западным регионам современной Беларуси, восточной Польше и, возможно, к украинскому Полесью. Там встречаются топонимы вроде Габово или Габовка — от них и мог пойти род. Если предки были шляхтой, то их фамилия указывала на владение деревней Габово; если крестьянами или мещанами — то на переселение из такого места.

В русском контексте фамилия нечастотная. Её могли принести в Россию после разделов Польши, когда многие польские и белорусские дворяне переходили на службу к империи. Написание через «а» (а не «о») — следствие польской орфографии, где Gabowski произносится с чётким «а». В отличие от фамилий на -ов/-ев, Габовский имеет более аристократический оттенок, но не обязательно: в XIX веке такую форму могли взять и бывшие крестьяне при получении паспорта, если их деревня называлась Габово.

Спорных версий немного. Иногда корень связывают с диалектным «габать» — «трогать», «хватать», но это слабая гипотеза: глагол редок и не даёт устойчивого прозвища. Более правдоподобно, что основа — предметная, от «габы» (плаща), что подтверждается и польскими фамилиями Габа, Габович.