Фамилия Габуков образована от прозвища Габук. Самая убедительная версия возводит его к карельскому или вепскому слову habuk — «сокол». Позже это слово прижилось и в русских олонецких говорах, где габуком стали называть ястреба. Поскольку сокол и ястреб в народной культуре символизируют смелость, отвагу и стремительность, прозвище, скорее всего, дали храброму или ловкому человеку. Родители могли так назвать и ребёнка, желая ему в будущем этих качеств.

Есть и другие гипотезы. Возможно, прозвище носило профессиональный оттенок: предок занимался соколиной охотой. Менее распространённая версия связывает Габука с украинским «габук» — сужение речного русла. В таком случае прозвище указывало на место жительства родоначальника, например, у переката или узкого берега.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Габук добавили суффикс принадлежности -ов, что буквально означает «сын Габука» или «потомок Габука». Поскольку корни прозвища уходят в прибалтийско-финскую языковую среду, географически фамилия должна была возникнуть на Русском Севере или в смежных регионах, где контактировали карельские, вепсские и русские говоры.