Фамилия Габукова образована от прозвища Габук. Самая убедительная версия связывает его с карельским или вепским словом habuk — «сокол». Позже это слово заимствовали и русские: в олонецких говорах габуком стали называть ястреба. Во многих культурах сокол и ястреб олицетворяют смелость, отвагу и стремительность, поэтому основатель рода Габуковых мог быть храбрым и ловким человеком. Не исключено, что такое прозвище родители дали маленькому ребенку, желая, чтобы в будущем он обладал этими качествами.

Есть и другая гипотеза: прозвище Габук могли дать человеку, занимавшемуся соколиной охотой. Это так называемое «профессиональное» именование, указывающее на род деятельности предка. Менее распространенная версия отсылает к украинскому слову «габук» — «сужение русла реки». В таком случае прозвище отражало место жительства родоначальника.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Габук добавили суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на принадлежность к роду. Таким образом, Габукова — буквально «дочь (или жена) Габука». Это типичная «патронимическая» фамилия, распространенная в северных и центральных регионах России, где были сильны контакты с финно-угорскими народами. Встречается она преимущественно в Карелии, Архангельской и Вологодской областях — там, где слово «габук» вошло в местные говоры.