Фамилия Габуковы, как и её мужская форма Габуков, ведёт начало от личного прозвища Габук. Большинство исследователей сходятся на том, что основа слова — финно-угорская, а именно карельское или вепское «habuk», что значит «сокол». Позднее слово перекочевало в русские олонецкие говоры, где габуком стали называть ястреба. Сокол и ястреб во многих культурах — символы смелости, отваги и стремительности, так что прозвище могло отражать либо характер взрослого человека, либо пожелание родителей маленькому ребёнку вырасти таким же ловким и храбрым.

Есть и вторая версия — профессиональная. Габуком могли прозвать человека, который держал ловчих птиц и занимался соколиной охотой. Это ремесло было известно и ценилось на севере Руси, в том числе в землях, где жили карелы и вепсы.

Третья гипотеза отсылает к украинскому слову «габук» — «сужение русла реки». Если это так, то прозвище указывало на место жительства: предок Габуковых мог жить у переката или узкого протока. Эта версия менее популярна, но полностью исключать её нельзя — фамилия могла возникнуть и в южнорусских или украинских землях, куда слово пришло своим путём.

По модели образования фамилия типична для русской ономастики: суффикс -ов присоединился к прозвищу, и потомки человека по имени Габук стали Габуковыми. Процесс шёл долго, и точное место и время возникновения фамилии сейчас установить трудно. Ясно одно: фамилия Габуковы — памятник финно-угорской лексики, сохранившийся в русском именослове.