Фамилия Гафенко звучит как типичный украинский патроним на -енко, но её основа неочевидна. Суффикс -енко в украинской ономастике — главный показатель фамилии, образованной от имени или прозвища отца: буквально «сын такого-то» или «маленький, младший». В данном случае корень Гаф- требует разбора.

Самая вероятная версия: Гафенко — это фонетический вариант фамилии Гавфенко или Гапфенко, где основа восходит к крестильному имени Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший). В народной речи имя Агафон часто сокращали и переделывали: Гапон, Гафа, Гаф. От этих усечённых форм и пошли фамилии Гапоненко, Гафенко. Чередование «ф/п/в» в украинских говорах обычное дело: Гапа — Гафа — Гава. Так что Гафенко — это «сын Гафы», то есть Агафона.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с западнославянским или немецким корнем. В польском и немецком языках есть фамилии Gaffen, Gafke, которые могли принести на Украину переселенцы или солдаты. Однако суффикс -енко выдаёт именно украинскую, а не польскую или немецкую модель образования. Поэтому версия с Агафоном выглядит убедительнее.

Географически фамилия Гафенко встречается в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской и Полтавской областях, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани. Там фамилии на -енко особенно плотно осели в казачьей среде.

Интересно, что фамилия Гафенко не имеет широко известных дворянских корней. Это фамилия крестьянская или казачья, что типично для большинства украинских патронимов. Никакого тайного смысла или редкого ремесла за ней не стоит — просто имя предка, которое через несколько поколений превратилось в родовое прозвище, а затем в официальную фамилию.