Фамилия Гафинова в своей основе, скорее всего, не исконно русская, а пришла из тюркских языков, где распространено имя Гафи. Оно восходит к арабскому «гафи» — «прощающий», «снисходительный», один из эпитетов Всевышнего в исламе. Таким образом, родоначальника Гафиновых могли назвать в честь деда или отца, носившего это имя, а фамилия закрепилась по типичной русской модели: к основе Гафин- добавили суффикс принадлежности -ов, получив «сын Гафина». Женская форма Гафинова — это грамматическое изменение, указывающее на носительницу фамилии.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия могла возникнуть двумя путями. Первый и самый вероятный — от тюркского имени Гафи через отчество Гафинович, которое затем сократилось до Гафинов. Второй, менее частый вариант — от прозвища Гафа (с ударением на первый слог), которое в некоторых говорах давали человеку с необычной походкой или манерой говорить. Однако в случае с Гафиновой тюркская версия выглядит убедительнее, учитывая распространённость арабских имён среди татар, башкир и народов Кавказа.

Географически фамилия встречается в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием: в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у русских, но чаще всего как результат смешанных браков или русификации тюркской фамилии. Социально предки Гафиновых могли быть крестьянами или мещанами, но не исключено, что среди них были и муллы, и торговцы — имя Гафи нередко давали людям религиозным или уважаемым в общине.

Редкость фамилии в том, что её основа — не привычное русское имя, а заимствованное, что делает её интересным примером адаптации восточной антропонимики в русской фамильной системе. Если сравнивать с однокоренными, например, Гафиуллин (с татарским суффиксом -уллин), то Гафинова — более короткая и обрусевшая форма.