Фамилия Гафин образована от имени, а не от прозвища, и корни её нужно искать в арабском языке. В основе лежит мужское имя Гафи, которое означает «прощающий», а также «здоровый и благополучный». Родители, давая такое имя сыну, желали ему стать крепким, сильным и счастливым — это распространённая модель имянаречения в мусульманской традиции.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гафин — потомок Гафи. Такая модель типична для русских фамилий, но встречается и в тюркской среде, где окончание -ин могло закрепиться при русификации документальных записей. То есть носители фамилии Гафин — скорее всего, потомки человека по имени Гафи, жившего в среде, где официальные бумаги велись на русском языке.

Существует и другая версия, менее вероятная. Она связывает фамилию с турецким словом gaf — «неуместный поступок, оплошность». Но против этого говорит ясная и положительная семантика арабского имени: прозвище со значением «оплошность» вряд ли стало бы основой для фамилии. Имя Гафи, напротив, несло пожелание благополучия, и именно от него, скорее всего, и пошёл род Гафиных.