Фамилия Гафиатуллина образована от мужского имени Гафиатулла, которое, скорее всего, является вариантом восточного имени Гафиятулла. В его основе лежат два арабских корня. Первый — «Гафият», что переводится как «спокойствие», «мир» или «здоровье». Второй — «Улла» (одна из форм имени Аллаха). В буквальном смысле имя Гафиятулла означает «слуга Аллаха, обеспечивающий мир и спокойствие». Родители, нарекая сына таким именем, желали ему стать добродетельным человеком, храбрым мужчиной и достойным мусульманином.

С точки зрения словообразования, это типичная патронимическая фамилия. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Гафиатуллина — «дочь (или жена) Гафиатуллы». Такая модель распространена в русском языке, но в данном случае она наложилась на татарскую или башкирскую основу, что характерно для фамилий народов Поволжья и Приуралья.

Среди наиболее известных однофамильцев — Газинур Гафиатуллович Гафиатуллин (1913–1944), участник Великой Отечественной войны, Герой Советского Союза. Его отчество — Гафиатуллович — прямо указывает на то, что имя Гафиатулла было в ходу ещё в начале XX века.

Процесс формирования фамилий у татар и башкир был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Гафиатуллиных можно лишь на основании генеалогических исследований. Однако ясно, что фамилия закрепилась в среде, где арабские имена с религиозным значением были нормой, а патронимическая модель на «-ин» стала привычной формой фиксации родового имени.