Фамилия Гафуров — одна из тех, где прямое значение имени-основы говорит о высоких моральных качествах. Она образована от арабского мужского имени Гафур, что означает «прощающий», «милующий», «бесконечно милостивый». В исламской традиции это слово — один из эпитетов Аллаха, поэтому имя имело почти обрядовый смысл: нарекая сына Гафуром, родители желали ему вырасти добрым, отзывчивым, способным к всепрощению.

Модель образования типична для восточных фамилий, попавших в русскую среду. К основе Гафур добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «Гафуров» буквально означает «сын Гафура» или «из рода Гафура». Такая модель широко распространена у татар, башкир и других народов Поволжья, а также в Центральной Азии. Встретить Гафуровых можно от Татарстана до Таджикистана.

Документы подтверждают давнее бытование фамилии на территории бывшей Казанской губернии. В Книге памяти Республики Татарстан сохранились записи о татарине Гафурове Абдрахмане 1888 года рождения из села Старые Ишли, а также о Гафурове Алимзяне Гафуровиче 1872 года рождения из деревни Новое Дуваново. Оба населенных пункта относятся к Дрожжановскому району — региону с плотным татарским населением. В Самарской области, в селе Новое Файзулово, в 1887 году родился Гафуров Абдулгали Хафейзулович.

Среди известных носителей — люди, прославившие фамилию в разных сферах. Абуталиб Гафуров (1882 г.р.) — народный поэт Дагестана, заложивший основы лакской советской литературы. Бободжан Гафуров (1908–1977) — таджикский историк, академик АН СССР, директор Института востоковедения, автор фундаментальных трудов по истории таджикского народа. Ученый-востоковед Алим Гафуров и российский экономист Саид Гафуров (родился в 1967 году) продолжают интеллектуальную традицию, заложенную в фамилии.