Фамилия Галунька — редкий пример фамилии, образованной от прозвища с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -к(а). В русской ономастике суффикс -к(а) в фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на западнорусское или украинское происхождение, где такие формы были продуктивнее. Основа фамилии — слово «галун» (от французского galon — позумент, золотая или серебряная тесьма для обшивки мундиров). В XVIII–XIX веках галун был обязательным элементом форменной одежды военных и чиновников.

Прозвище Галун мог получить портной или военный портной, который нашивал галуны, либо сам носитель мундира, щеголявший в расшитой одежде. Суффикс -к(а) в прозвище Галунька придаёт ему уменьшительный, а порой ироничный оттенок: «маленький галун» или «тот, кто с галуном». В украинской традиции фамилии на -ка нередко фиксировались без изменений (как Галунька, Бондарка, Швецька), тогда как в великорусских говорах их чаще переоформляли в -ов или -ин.

Версия о происхождении от имени Галактион (в просторечии Галун) менее вероятна: для кратких форм характерны суффиксы -я, -уня, а не -унька, и окончание -ка здесь выглядит чужеродным. Скорее всего, перед нами прозвищная фамилия, закреплённая в южнорусских или украинских землях. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, что делает её локальным маркером: носители Галунька, вероятно, происходят из одной местности, где прозвище дали одному человеку, а потомки унаследовали фамилию без изменений.