Фамилия Галышев — один из примеров того, как народная фонетика перекроила исходное слово. В основе, скорее всего, лежит прозвище Голыш, которое в южнорусских и украинских говорах звучало как «Галыш»: аканье и местные диалектные особенности превратили «о» в «а». Отсюда и фамилия: суффикс -ев указывает на принадлежность — «сын Галыша».

Слово «голыш» в старину имело два смысла. Первый — прямой: бедняк, голый человек, от корня «гол-» (голь, голытьба). Второй — охранительный, обережный: в крестьянской среде верили, что имя-прозвище может обмануть злые силы. Называя сына Голышом (Галышом), родители как бы говорили: «он беден, ничего ценного у него нет», — и тем самым желали ему на самом деле богатства и благополучия. Такой обычай был распространён по всей Руси.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «галыш» — так в некоторых областях называли гальку, мелкий камень, или даже прозвище человека с круглой, «галечной» головой. Но эта версия уступает основной по распространённости: фамилии от «голый» встречаются гораздо чаще (Голышев, Голяков, Гольцов), а Галышев — их фонетический вариант.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. По переписям XIX века Галышевы встречались в основном в центральных и южных губерниях России — там, где аканье было нормой. В написании путаницы нет: форма через «а» закрепилась, а вариант «Голышев» — отдельная фамилия с тем же корнем, но без диалектного смягчения.