Фамилия Ганнус — одна из тех редких русских фамилий, в основе которой лежит не имя и не прозвище по профессии, а название растения. В старину ганусом на южнорусских и украинских землях называли анис. Такие «растительные» прозвища были характерны для дохристианской, языческой традиции: давая ребёнку прозвище Ганнус, родители верили, что природа примет дитя как своего, а к нему перейдут полезные свойства растения — пряный аромат, стойкость или целебная сила.

Морфологически фамилия представляет собой чистую основу без типичных патронимических суффиксов — -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что прозвище Ганнус закрепилось как фамилия в том виде, в каком бытовало в устной речи, без дополнительного оформления. Такая модель встречается реже, чем стандартные фамилии на -ов, и чаще фиксируется на западе и юге России, где влияние украинской и белорусской ономастики сильнее.

Существует и другая, менее вероятная версия: возводят фамилию к латинскому слову gannitus — «визг, весёлая возня, чирикание». Если принять эту гипотезу, то основатель рода Ганнус мог получить прозвище за живой, общительный нрав или за детскую привычку постоянно издавать звонкие звуки. Однако связь с растением выглядит убедительнее: в славянской среде прозвища от названий трав и цветов встречаются чаще, чем заимствования из латыни, к тому же анис был широко известен и как пряность, и как лекарственное средство.

Однокоренные фамилии — Ганус, Ганусов, Ганусенко — подтверждают, что корень был продуктивным и распространённым именно в южных регионах. Фамилия Ганнус, с двойным «н», могла возникнуть как вариант написания под влиянием польской или немецкой орфографии (ср. Gannus), либо как результат народной этимологии, когда необычное слово «ганус» переосмыслили и удвоили согласную для благозвучия.