Фамилия Ганцовский вписывается в типичную модель образования польских и западнорусских фамилий на -ский/-цкий. Этот суффикс указывал на принадлежность к месту или роду: так называли шляхтичей по названию имения, а позже — и крестьян по деревне, откуда они вышли. Основа Ганц- почти наверняка восходит к имени Ганца — уменьшительной форме от Ганс, западнославянского варианта имени Ян (Иван). В польском языке Ганс или Ганьц — это Иван, а Ганцек, Ганцусь — его обиходные формы. Таким образом, Ганцовский — это «тот, кто из рода Ганца» или «выходец из Ганцова» (деревни, названной по имени владельца).

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «ганець» — так в некоторых говорах называли гонца или посыльного. Однако для такой основы ожидалась бы фамилия Ганецкий или Гонцовский, а не Ганцовский. Форма с носовым «а» (в старопольском обозначалась как «ą») указывает скорее на имя, чем на профессию.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современным Беларуси, Украине и восточной Польше. В Российской империи носители Ганцовских чаще всего встречались в Минской, Виленской и Гродненской губерниях, что подтверждает её польско-белорусские корни. После разделов Польши фамилия могла писаться как Ганцовский или Ганцевский, в зависимости от того, как местные писари передавали носовой звук.

С точки зрения сословной принадлежности, фамилии на -ский в этом регионе первоначально были привилегией шляхты, но к XIX веку их активно перенимали и мещане, и крестьяне, желавшие звучать «благороднее». Поэтому предки современных Ганцовских могли быть как мелкими землевладельцами, так и свободными крестьянами, взявшими фамилию по деревне, где жили.