Фамилия Ганусков — редкая и звучит не по-русски, хотя её форма (суффикс -ов) указывает на то, что она обрусела давно. Большинство фамилий на -ов образованы от имён или прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Здесь основа — Гануск. Самое вероятное объяснение: это западнославянская или южнославянская основа, попавшая в русскую среду. Имя Ганус — это народная форма имени Иоанн (Иван) у поляков, чехов, словаков и белорусов. В белорусском языке, например, Ганус — это Иван, а уменьшительный суффикс -к- даёт Ганусь или Гануск. То есть Ганусков — буквально «сын маленького Ивана», «потомок Гануска».

Есть и вторая версия, менее очевидная: фамилия могла возникнуть от прозвища Ганус, которое в южнорусских говорах иногда давали человеку с «ганусом» — так называли анис, растение с резким запахом. Прозвище могло закрепиться за огородником, торговцем травами или просто за человеком с капризным нравом (по ассоциации с пряностью). Но эта версия слабее, потому что корень «ганус» в значении «анис» — узко диалектный, а имя Ганус — широко распространённое.

В русских документах фамилия встречается крайне редко. Если смотреть на географию, то единичные случаи есть на западе Брянской и Смоленской областей, в зоне исторического контакта с белорусским языком. Носителей мало, фамилия не «расползлась» по стране, что говорит о её позднем закреплении (вероятно, в XIX веке) и локальном происхождении. Социальный контекст: скорее всего, предки были крестьянами или мещанами из западных губерний Российской империи, где фамилии на -ов от белорусских имён — обычное дело.

Обратите внимание на суффикс -ск- в основе: он не типичен для русского словообразования фамилий, но в белорусском и польском языках суффиксы -ск-/-цк- в уменьшительных формах имён встречаются (Ганусь — Ганусек, Ганусков). В русской записи «Ганусков» сохранила след этого уменьшительного суффикса, что и делает фамилию непохожей на массовые Ивановы или Петровы.