Фамилия Ганускус — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русском контексте она почти не встречается, что сразу даёт подсказку: скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а латинизированная форма, характерная для учёной или духовной среды XVII–XIX веков.

Ключ к разгадке — суффикс «-ус». В славянской ономастике окончание «-ус» почти всегда указывает на искусственную, книжную переделку фамилии по образцу латинского языка. Так поступали в семинариях и академиях: брали бытовую фамилию или прозвище и «облагораживали» её латинским концом. Например, фамилии вроде Бенедиктус, Сперанский, Тихомиров — все они проходили через эту процедуру. Ганускус, вероятно, того же ряда.

Основа «Ганус» скорее всего восходит к имени Ганус — западнославянской или немецкой форме имени Иоанн (Ян, Йоханнес). В польском, чешском и словацком языках уменьшительные и разговорные варианты от Jan — это Janusz, Hanusz, Hanus. Отсюда же фамилии Ганусевич, Ганушкевич. Если предок носителя фамилии учился в духовной школе, его польскую или белорусскую фамилию Ганус могли «латинизировать» добавлением «-кус», получив Ганускус. Выходит, что исходное значение фамилии — «сын (или потомок) Гануса», то есть человека по имени Ян.

Есть и более простая версия, без семинарии. В польском языке слово «ganus» или «hanus» в диалектах могло означать «петух» (от нем. Hahn). Тогда прозвище Ганус давали драчливому, задиристому человеку, и уже от этого прозвища образовали фамилию. Но окончание «-ус» в бытовой среде — редкость, так что версия с латинизацией выглядит убедительнее.

Географически фамилия Ганускус, скорее всего, тяготеет к западным губерниям Российской империи — территории современной Беларуси, Польши, Литвы, где было сильно католическое и униатское влияние, а духовные школы практиковали латинизацию фамилий. Сословно это могли быть выходцы из мещан или духовенства, реже — из шляхты.

Итог: фамилия Ганускус — искусственная книжная форма, образованная от имени Ганус (Ян) с помощью латинского суффикса. Носители такой фамилии, скорее всего, потомки людей, получивших образование в духовных училищах или семинариях на западе империи.