Фамилия Ганжара рассказывает о прозвище, которое давали предку. Слово «ганджар» в украинском языке означает «обоюдоострый кинжал, искривленный на конце» — это заимствование из тюркских языков. Скорее всего, Ганжарой называли воина, который владел таким клинком, или мастера, который ковал и точил кинжалы. У тюркских народов существовало и мужское имя Ганджара с тем же значением, так что возможен и путь от личного имени.

Фамилия образована без суффикса, по модели типичной для украинских прозвищ, которые переходили в фамилии в неизменной форме. Это отличает её от фамилий на -ов, -ин или -ский, распространённых в северной и центральной России. Географически фамилия Ганжара тяготеет к южнорусским и украинским землям, где тюркские заимствования в речи были обычны из-за соседства с крымскими татарами и ногайцами.

В русских говорах встречается слово «ганжа» — «сабля, кинжал», но фамилия Ганжара точнее восходит именно к украинскому «ганджар» с характерным окончанием -ара. Таких фамилий, образованных от названий оружия, немного: можно вспомнить Шаблю, Сабельникова, Кинжалова, но Ганжара стоит особняком благодаря редкой основе и прозрачной этимологии.