Фамилия Ганжя — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка связано с диалектным словом, а не с крестильным именем или профессией. Основа «ганж» в русских говорах имеет два основных значения, и оба ведут к прозвищу. Первое — «пенька, конопля» или изделие из неё (например, грубая ткань). Второе, более экспрессивное — «лгун, пустомеля, болтун». Второе значение встречается в воронежских и рязанских говорах, и оно кажется более вероятным для прозвища: так могли назвать говорливого или несерьёзного человека. Первое значение (конопля) тоже возможно, но тогда прозвище скорее относилось бы к торговцу или производителю пеньки.

Обратите внимание на суффикс. Фамилия оканчивается на -я, что нехарактерно для стандартной русской модели на -ов/-ин. Это указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих языках суффикс -я (или -а) часто превращает прозвище в фамилию без дополнительных приращений: Ганжя — это и есть исходное прозвище, которое стало фамилией. В русском языке её бы адаптировали в Ганжин или Ганжов, но форма Ганжя сохранила южнорусский или малороссийский колорит.

С точки зрения географии, фамилия встречается в основном на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине. В переписях XIX века носители фамилии Ганжя фиксировались среди крестьян и мещан, что типично для прозвищных фамилий, возникших в среде, где людей называли по характерной черте, а не по отцу. Сословной элиты среди Ганжя не было — это демократичная фамилия, возникшая в народной среде.

Если допустить связь с коноплёй, то есть параллель с фамилией Ганжа, которая встречается у запорожских казаков. В реестре Войска Запорожского 1649 года упоминается казак Ганжа. Не исключено, что Ганжя — фонетический вариант той же основы, но с мягким окончанием, характерным для некоторых говоров. В любом случае, перед нами фамилия, которая прямо говорит о характере или занятии предка, без сложных словообразовательных цепочек.