Фамилия Гарапин — редкая и неочевидная по происхождению. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Гарапин, то есть сын или потомок Гарапы. Основа — Гарап — в русском языке не встречается ни как имя, ни как нарицательное слово. Здесь возможны два пути.

Первый и самый вероятный — фамилия восходит к крестильному имени. В православных святцах есть имя Агапий (от греческого «агапе» — любовь). В народном произношении начальное «А» могло отпасть, а «г» появиться под влиянием южнорусского или украинского «г» фрикативного: Агапий → Гапий → Гарапий. Уменьшительная форма Гарапа затем дала фамилию Гарапин. Такой переход — не редкость: от Агафона пошли Гафоновы, от Агапита — Гапитовы.

Вторая версия связывает фамилию с прозвищем, но здесь меньше ясности. В некоторых говорах «гарапа» могло означать нечто грубое, неуклюжее, но это лишь предположение, не подкреплённое словарями. Слово «гарапа» не фиксируется в диалектной лексике как устойчивое, поэтому версия с именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Гарапин встречается точечно — в основном в Поволжье и на юге России. Это косвенно подтверждает версию об имени: в этих регионах были сильны традиции народных форм канонических имён. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам — суффикс -ин в таких фамилиях типичен для простых людей, а не дворянства.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшие аналоги — Гарапов, Гарапинский (редко), а также фамилии на Гап-: Гапонов, Гапченко. Все они, вероятно, вышли из одного гнезда — от имени Агапий.