Фамилия Гарий — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ев или -ин, что сразу наводит на мысль: либо это позднее искусственное образование, либо нерусская основа, либо усечённая форма.

Первое, что приходит в голову, — связь с древнегреческим именем Гарий (Гарион). В греческой мифологии Гарий — сын Геракла, а в христианском календаре есть святой Гарий (один из сорока севастийских мучеников). Фамилия могла возникнуть из крестильного имени Гарий, которое давали в честь этого святого. Но в русской традиции имя Гарий было крайне редким, почти единичным, поэтому массового «обмирщения» в фамилию не произошло. Скорее всего, носители фамилии Гарий — это потомки священнослужителей или выходцев из духовного сословия, где иногда давали необычные календарные имена, или же это поздняя «кабинетная» фамилия, образованная в семинарской среде.

Вторая версия — топонимическая. В славянских языках есть слово «гарь» (выжженное место в лесу, гарь). Фамилия Гарий могла возникнуть как прозвище человека, жившего на гари, или как указание на место жительства. Но здесь мешает огласовка: обычно такие фамилии звучат как Гарев, Гарин, Гаричев. Форма Гарий — скорее исключение, возможное при записи прозвища в церковной книге как «Гарий» (по аналогии с «Горелый» — «Горелий»).

Третья версия — западноевропейская. В немецком и французском языках есть фамилии Gari, Gary (Гари). В Россию они могли попасть с переселенцами или через польское посредничество. Например, польская фамилия Gary (произносится «Гары») при русификации могла превратиться в Гарий. Но это единичные случаи, не образующие пласта.

Главная сложность в том, что фамилия Гарий не фиксируется в массовых дореволюционных справочниках (как, например, у Б. Унбегауна или В. Никонова). Она встречается редко и, скорее всего, имеет несколько независимых очагов происхождения. Самая правдоподобная версия — искусственное образование от греческого имени Гарий в среде духовенства, возможно, в XIX веке. В пользу этого говорит и окончание на -ий, типичное для семинарских фамилий (ср. Аполлинарий, Виталий, Кесарий).