Фамилия Гарин образована от имени Гаря. Чаще всего Гаря — это уменьшительная форма от крестильных мужских имён Георгий (в переводе с греческого «земледелец»), Герасим («почтенный») и Гордей («царь»). Такая модель образования фамилии — от обиходной, народной формы полного имени — типична для русских фамилий на -ин: сначала человека звали просто Гаря, а его дети и внуки стали Гариными.

Менее правдоподобна гипотеза, связывающая фамилию с глаголом «гореть». Согласно этой версии, прозвище Гаря могли дать погорельцу, кочегару или рыжему человеку. Однако против такого объяснения говорит то, что прозвища, образованные от глаголов напрямую, встречаются реже, чем сокращения от канонических имён. К тому же в исторических документах Гаря последовательно выступает как личное имя, а не как прозвище по признаку.

Одно из ранних упоминаний фамильного корня находим у С. Б. Веселовского: Гаря Иванов, крестьянин, 1608 год, Арзамас. Это показывает, что уже в начале XVII века имя Гаря бытовало в центральной России, а значит, фамилия Гарин могла возникнуть не позднее XVI века. Географически фамилия чаще встречается в старообрядческих и северных регионах, где были сильны традиции употребления уменьшительных имён вместо полных.