Фамилия Гарнаев образована от имени Гарнай. По одной из версий, оно является уменьшительным вариантом древнееврейско-арабского религиозного имени Гарун, которое в переводе означает «горный». Это имя носил пророк Гарун (Арун, Харун). Согласно другой версии, Гарнай – это уменьшительная форма арабского имени Зулкарнай, которое на русский язык переводится как «двурогий». Фамилию Гарнаев прославил Юрий Александрович Гарнаев (1917—1967), советский летчик, заслуженный летчик-испытатель СССР (1964). 21 августа 1964 года ему присвоено звание Героя Советского Союза за испытания новой авиационной техники.